Desde el S. XII, se conoce la presencia de personas, de manera permanente, en lo que fue una villa romana: Milagros. Desde el 1.130 y hasta el 1.508 dependió del Monasterio de San Pedro de Gumiel de Izán y en el S. XVI, comienza a formar parte del Señorío del Conde de Miranda.

En 1.833, por medio de la Reforma de Javier de Burgos, 'Milagros' cambia de Provincia y pasa a ser de Segovia. Los campesinos luchan por liberarse de los derechos señoriales en un conflicto que no llegará a su fin hasta 1.888, cuando el Conde de Montijo y Miranda paga para convertir a los lugareños en propietarios de pleno derecho.

Tras la Guerra Civil, Milagros sufre una gran cantidad de modificaciones: los regadíos, la concentración parcelaria, la inauguración de la Cooperativa del Vino en 1963, la constitución de la Cooperativa del Campo en 1966, el Éxodo Rural y la modernización del pueblo. Todos estos cambios tuvieron como resultado, un Primer Premio de Embellecimiento de la Provincia de Burgos en 1972.

Situado en pleno corazón de la mejor Ruta de Enoturismo Ribera del Duero, a menos de 10 Km de Aranda de Duero, y a 145 Km de Madrid, se encuentra en la parte más meridional de la Provincia de Burgos. Su Iglesia del Siglo XVII resalta la preciosidad de la piedra de sus paredes.

El río Riaza desciende por Milagros bañando sus ricas riberas: una bonita ruta para disfrutar de paz, tranquilidad y naturaleza.